การส่องกล้องตรวจกระเพาะอาหารดำเนินการโดยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญที่ผ่านการรับรองจากคณะกรรมการแพทย์ผู้เชี่ยวชาญการส่องกล้องระบบทางเดินอาหาร กล้องที่ใช้ส่องตรวจจะมีลักษณะเป็นท่อขนาดเล็กปรับโค้งงอได้ แพทย์จะส่องกล้องเข้าทางปาก โดยผู้ป่วยควรช่วยกลืนเมื่อกล้องเข้าไปถึงบริเวณคอหอย จากนั้นเมื่อกล้องผ่านลงไปยังหลอดอาหารแล้วให้หยุดกลืนได้ ท่านจะไม่รู้สึกตัวขณะตรวจให้กับผู้ตรวจแพทย์จะดูภาพรวมทั้งหมดกระเพาะอาหารจนถึงบริเวณส่วนต้นของลำไส้เล็ก และอาจมีการตัดตัวอย่างเนื้อเยื่อ หรือตัดติ่งในลำไส้ผ่านการส่องกล้อง ในกรณีที่แพทย์ต้องการชื้นเนื้อเพื่อตรวจ การตรวจหาเชื้อแบคทีเรีย Helicobacter Pylori ในกระเพาะอาหารสามารถทำได้ในขั้นตอนนี้