การส่องกล้องตรวจลำไส้ใหญ่ดำเนินการโดยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญที่ผ่านการรับรองจากคณะกรรมการแพทย์ผู้เชี่ยวชาญการส่องกล้องระบบทางเดินอาหาร ในระหว่างที่ทำการตรวจ แพทย์จะสอดกล้องส่องลำไส้ใหญ่เข้าไปทางทวารหนักและลำไส้ใหญ่ กล้องนี้มีลักษณะเป็นหลอดเล็กยาว (เส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ 1 ซม.) และมีความยืดหยุ่นสูง  ที่ปลายของหลอดจะมีกล้องและไฟขนาดเล็กติดอยู่ ขณะตรวจกล้องจะเป่าอากาศเข้าไปในลำไส้ใหญ่ด้วยเพื่อให้ส่องดูภายในได้ดีขึ้น โดยปกติขณะทำการตรวจจะให้ยาระงับความรู้สึกทางหลอดเลือดดำ ท่านจะไม่รู้สึกตัวขณะตรวจให้กับผู้ตรวจแพทย์จะดูภาพรวมทั้งหมดภายในลำไส้ใหญ่ และอาจมีการตัดตัวอย่างเนื้อเยื่อ หรือตัดติ่งในลำไส้ผ่านการส่องกล้อง ในกรณีที่แพทย์ต้องการชื้นเนื้อเพื่อตรวจหาโรคมะเร็ง